검찰청 폐지와 공소청 신설에 맞춰 법무행정 관련 인권침해 사건을 다루는 법무부 조사 체계가 전면 개편됐다. 검찰 수사가 시작되면 법무부 조사를 중단하도록 했던 규정도 삭제됐다.

법무부는 이 같은 내용을 담은 「인권침해 사건 조사ㆍ처리 및 구금ㆍ보호시설의 실태조사에 관한 규칙」 일부개정령(법무부령 제01169호)을 2026년 10월 1일 공포하고 10월 2일부터 시행했다.

이번 개정은 수사와 기소를 분리해 검찰청을 폐지하고 법무부장관 소속으로 공소청을 신설한 「정부조직법」과 「공소청법」, 검사의 직접수사권을 폐지해 수사 주체를 사법경찰관으로 일원화한 「형사소송법」 개정에 따른 후속 조치다.

개정 규칙은 기존 규칙 제20조를 삭제했다. 종전에는 법무행정 관련 인권침해 진정 사건에서 검찰 수사가 시작되면 법무부 조사를 중단하도록 규정했으나, 검사의 직접수사권 폐지에 따라 해당 절차 조항을 없앴다.

조사 대상 업무 범위와 조직 명칭도 정비됐다. 제2조 제1호에서 인권침해 대상 기관을 기존 '검찰청'에서 '공소청(광역공소청, 지방공소청 및 지방공소청 지청 포함)'으로 변경하고, 직무 범위 중 '수사'를 '검사사무'로 바꿨다.

공소청 관련 사건 조사 절차를 규정한 제12조 제목도 '검찰 수사 관련 사건의 조사'에서 '공소청 등 송치 사건 관련 사건의 조사'로 바뀌었다. 공소청 등에 송치된 사건과 관련된 소속 공무원의 인권침해 조사는 공소청 자체 조사를 거치는 것이 원칙이다. 다만 공소청이 조사를 진행하지 않거나 사회적 관심이 집중돼 공정한 조사가 어렵다고 판단되면 법무부가 직접 조사할 수 있도록 규정했다.

제24조 제1항 제1호에서 인권침해 행위가 범죄에 해당해 형사처벌이 필요할 때 조치하는 대상 역시 종전 '검찰'에서 '수사기관'으로 수정했다.

이에 따라 공소청 소속 공무원의 직무 집행 과정에서 인권침해를 입은 진정인은 개편된 공소청 및 법무부 조사 절차를 거쳐 구제를 받게 된다.