일시적인 자산 매각 등으로 손익이 왜곡된 비상장법인의 주식 가치를 산정할 때, 순자산가액에 합산하는 영업권 평가에서도 과거 3년간 순손익 실적을 그대로 적용해 과세할 수 없다는 대법원 판단이 나왔다.

비상장주식 순손익가치 평가에서 비정상적인 손익을 배제하도록 한 법리가 순자산가치를 구성하는 영업권 산정에도 동일하게 적용된다는 점을 명확히 한 판결이다.

대법원은 원고가 과세관청을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송에서 과세관청의 상고를 기각하고 원고 승소로 판결한 원심을 확정했다(2026두30964).

사실관계

원고는 보유하던 한 법인의 비상장주식을 특수관계인에게 양도했다. 과세관청은 이를 시가보다 낮은 가격에 넘긴 거래로 보고 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용해 세금을 부과했다.

과세관청은 해당 비상장주식의 시가를 상속세 및 증여세법(상증세법)상 보충적 평가방법으로 계산하면서, 해당 법인의 순자산가액에 합산할 영업권 평가액을 산정하기 위해 구 상증세법 시행령 제56조 제1항에 따른 '최근 3년간 순손익액의 가중평균액'을 적용했다.

원고는 해당 법인의 유가증권·유형자산 처분손익 등 합계액이 최근 3년간 법인세 차감 전 손익 가중평균액의 50%를 초과해 비정상적 손익에 해당하므로 과거 실적 가중평균 방식을 적용할 수 없다고 맞섰다. 반면 과세관청은 해당 사유가 있더라도 '일시적이고 우발적인 사건'이라는 별도 요건을 충족하지 못해 추정이익을 적용할 수 없는 이상 종전의 과거 실적 방식을 따라야 한다고 주장했다.

1심·원심 판단

원심은 과세관청의 처분을 취소해야 한다고 판단했다.

원심은 2019 사업연도 법인세 납세의무 성립 당시 해당 법인의 기업회계기준상 유가증권·유형자산 처분손익과 자산수증이익 등의 가중평균액이 법인세 차감 전 손익 가중평균액의 50%를 초과한 사실을 인정했다. 이어 일시적이고 우발적인 사건에 해당하는지 추가로 따질 필요 없이 구 상증세법 시행규칙 제17조의3 제1항 제6호 사유를 충족하므로 제56조 제1항의 과거 실적 가중평균 방식을 적용할 수 없다고 봤다. 과거 실적 방식을 다시 적용할 특별한 사정이 있다는 과세관청의 주장도 배척했다.

대법원 판단

대법원 역시 하급심 판결을 그대로 확정했다.

재판부는 구 상증세법 시행령 제56조 제2항 제1호의 문언 중 '일시적이고 우발적인 사건으로 해당 법인의 최근 3년간 순손익액이 증가하는 등'이라는 부분은 "기획재정부령에 위임할 사항의 내용과 범위를 구체적으로 특정하고자 제1항 가액이 아닌 제2항 가액(추정이익)에 의하여 1주당 순손익가치를 산정하여야 할 사유들의 속성을 대표적으로 예시한 것일 뿐"이라고 판시했다. 시행규칙에 명시된 요건을 충족하면 충분하고 일시적·우발적 사건인지 추가로 고려할 필요가 없다는 취지다.

이어 재판부는 "시행규칙 제17조의3 제1항 각 호 사유가 있다면 특별한 사정이 없는 한 제1항 가액인 최근 3년간 순손익액의 가중평균액을 기초로 산정할 수 없다"며 "이는 제2항에 따른 추정이익 가액을 적용할 수 없는 경우라 하더라도 마찬가지"라고 밝혔다. 과거 실적 가액을 다시 적용할 수 있는 '특별한 사정'이 있다는 점은 이를 주장하는 측이 증명해야 한다고 짚었다.

아울러 재판부는 구 상증세법 시행령 제59조 제3항이 영업권 평가 시 순손익액 계산을 제56조 제1항 및 제2항에 준용하도록 규정한 만큼, 이러한 법리가 비상장주식의 순손익가치 산정뿐 아니라 영업권 평가에도 동일하게 적용된다고 판결했다.