국무총리 소속 제주특별자치도 지원위원회 위촉위원의 임기가 한 차례 연임으로 제한된다. 이해관계가 얽힌 안건 심의에서 배제하는 제척·기피·회피 제도도 도입됐다. 개별 운영되던 제주 지원 실무조직은 국무조정실 내 다른 특별자치시·도 지원조직과 통합 구성돼 운영 효율을 높인다.

정부는 이 같은 내용을 담은 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 시행령」 일부개정령을 2026년 10월 20일 공포하고 즉시 시행했다. 모법 개정으로 지원위원회 정수가 30명에서 35명으로 늘어난 데 따른 후속 조치이자, 위원회 심의 공정성을 확보하려는 정비다.

개정 시행령에 따르면 국무총리가 위촉하는 민간위원의 임기는 2년으로 유지하되 '한 차례만 연임'할 수 있도록 제한 규정을 뒀다(제2조 제2항). 종전에는 별도 연임 제한이 없어 장기 연임에 따른 유착 우려가 제기돼 왔다. 부칙에 따라 시행 당시 최초 위촉돼 임기 중인 위원은 만료 후 1회만 연임할 수 있다. 이미 한 차례 이상 연임한 위원은 이번 임기가 끝나면 다시 위촉될 수 없다.

위원회의 중립성을 담보하는 통제 장치도 강화됐다. 위원이나 배우자가 안건의 직접 당사자이거나 친족 관계인 경우, 용역·자문·연구를 수행했거나 대리인으로 관여한 때에는 심의·의결에서 당연 제척된다(제2조의2). 당사자의 기피 신청권과 위원 본인의 회피 의무도 명문화했다. 제척 사유가 있음에도 스스로 회피하지 않은 위원은 해촉 대상이 된다.

위촉위원 결격사유도 구체화했다(제2조의3). 대한민국 국민이 아닌 사람, 국가공무원법상 결격사유 해당자, 공직선거법에 따른 선거 후보자나 예비후보자로 등록한 사람은 위촉될 수 없다. 재임 중 이에 해당하면 즉각 해촉된다. 내실 있는 안건 검토를 위해 회의 개최 3일 전까지 하도록 돼 있던 소집 통지 기한은 '7일 전'으로 늘렸다(제4조 제2항).

지원위원회를 뒷받침하는 실무 조직 체계도 개편했다. 국무조정실에 설치하는 실무지원단은 기능과 성격이 유사한 다른 실무 지원조직과 통합 구성·운영할 수 있는 근거를 마련했다(제8조의2). 강원·전북 등 잇따른 특별자치도 출범에 맞춰 정부 차원의 분권 지원 역량을 단일 체계로 묶겠다는 취지다. 전문성을 확보하고자 실무지원단 소속으로 민간 전문가를 임기제공무원으로 채용하고, 관계 행정기관이나 공공기관에 인력 파견을 요청할 수 있는 권한도 명시했다.