조정대상지역에 민간매입임대아파트를 보유한 법인이 법인세 추가 과세를 피하려면 2027년 12월 31일까지 주택을 양도해야 한다. 그동안 임대등록 말소 뒤에도 기한 없이 주어지던 법인세 추가 과세 배제 혜택에 일몰 시한이 공식 도입됐다.
재정경제부는 이 같은 내용을 담은 법인세법 시행령 일부개정령(대통령령 제36738호)을 2026년 9월 30일 공포하고 10월 1일부터 시행에 들어갔다. 이번 개정은 정부의 2026년 세제개편안 후속 조치다.
배경 및 취지
현행 법인세법 제55조의2에 따르면 법인이 주택이나 비사업용 토지를 양도할 때 발생하는 차익에는 기본 법인세율(9~24%) 외에 20%의 토지등 양도소득 법인세가 추가로 부과된다. 종전에는 등록이 자동 말소된 아파트 매입임대주택의 경우 추가 과세 배제 특례가 영구 적용되는 허점이 있었다. 정부는 과세 왜곡을 바로잡고 법인 보유 아파트의 시장 매물을 유도하기 위해 매각 유예 기한을 설정했다.
처분 기한 및 예외 기준
신설된 법인세법 시행령 제92조의2 제10항은 원칙적 양도 기한을 2027년 12월 31일로 규정했다. 다만 임대 법인의 불가피한 사정을 고려한 예외 기한도 함께 마련했다.
민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대의무기간이 2027년 1월 1일 이후 종료되는 주택은 임대주택등록이 말소되는 날부터 1년이 되는 날까지 양도하면 추가 과세를 면한다. 2027년 1월 1일 이후 소재지가 신규 조정대상지역으로 지정된 경우에는 공고일부터 1년이 적용된다.
재건축·재개발 정비사업 구역에 포함된 주택의 처분 기한도 현실화했다. 2027년 12월 31일 이전에 조합설립인가(재개발사업은 관리처분계획인가)를 받은 정비사업 대상 주택은 이전고시일부터 1년이 되는 날과 2027년 12월 31일 가운데 더 늦은 날까지 양도하면 특례가 인정된다.
지방 미분양 CR리츠 세제지원 연장
비수도권 부동산 시장의 미분양 해소와 유동성 지원을 위한 세제 혜택은 확대됐다. 기업구조조정 부동산투자회사(CR리츠)가 수도권 밖의 준공 후 미분양주택을 취득할 때 법인세 추가 과세를 배제해 주는 취득 기한(시행령 제92조의2 제2항 제1호의16)을 종전 2026년 12월 31일에서 2027년 12월 31일까지 1년 연장했다.
실무 포인트
기업 법무 및 세무 실무진은 보유 중인 임대아파트의 소재 지역과 의무임대 만료일을 점검해 매각 일정을 세워야 한다. 2027년 말 이후 매각하면 양도차익의 20%에 달하는 법인세를 추가로 내야 한다. 반면 비수도권 미분양 인수를 검토하는 CR리츠는 1년의 추가 사업 추진 기한을 확보했다.
