폐기물처리업 사업계획 적합통보를 받은 사업자가 변경계획서를 내고 서류를 보완하는 중이라도 법정 허가신청기한을 넘기면 기존 적합통보의 효력을 잃는다. 변경계획서 검토나 보완 절차가 진행 중이라는 사유만으로는 법에 정해진 허가신청기간이 멈추거나 늘어나지 않는다는 취지다.

법제처는 2026년 10월 29일 울산광역시가 요청한 폐기물관리법 제25조 관련 법령해석 안건에서 “이 사안의 경우, 종전 사업계획에 대한 적합통보의 효력은 상실된다”고 회신했다(26-0455).

이번 질의는 지정폐기물 외의 폐기물을 다루는 폐기물 최종처분업 사안에서 비롯됐다. 해당 사업자는 폐기물관리법 제25조제3항에 따른 기본 허가신청기간 3년에 같은 조 제4항에 따른 연장기간 2년을 더해 총 5년의 기한을 부여받았다. 사업자는 폐기물관리법 시행규칙 제28조제3항제2호라목에 따라 폐기물 처분시설 구조를 변경하려고 시·도지사에게 변경계획서를 제출했고, 보완 절차를 밟던 도중 총 5년의 허가신청기간이 지났다.

현행 폐기물관리법 제25조제1항과 제2항에 따르면 폐기물처리업을 하려는 자는 사업계획서를 기후에너지환경부장관이나 시·도지사에게 제출해 적합 여부를 통보받아야 한다. 중요 사항을 변경할 때도 같다. 적합통보를 받은 자는 같은 조 제3항 및 제4항에 따라 업종별 법정 기한 내에 시설·장비 및 기술능력을 갖춰 허가를 받아야 한다. 법정 허가신청기간과 부득이한 사유에 따른 최대 연장기간은 업종별로 다르다. 폐기물 수집·운반업은 6개월에 연장 6개월로 최장 1년, 일반 폐기물처리업은 2년에 연장 1년으로 최장 3년이며, 소각·매립시설 설치가 필요한 최종처분업 등은 3년에 연장 2년으로 최장 5년이다.

법제처는 행정처분에 효력기간이 정해져 있는 경우 그 기간이 지나면 처분의 효력이 상실된다는 대법원 판례(2005두12404)와 법제처 선례(06-0029)를 판단 근거로 들었다. 적합통보를 받은 자는 해당 기간 내에 허가신청을 해야 유효한 신청으로 볼 수 있다. 정식 허가신청 없이 기간이 지났다면 종전 적합통보의 효력은 상실된다는 판단이다.

변경계획서 보완 절차 진행으로 기간이 멈춘다고 볼 수 없다는 점도 분명히 했다. 법제처는 “폐기물관리법 제25조제4항에서는 부득이한 사유로 인한 기간 준수의 어려움을 해소하기 위하여 허가신청기간의 연장 제도를 두면서 그 연장 한도를 정하고 있고, 변경계획서의 제출이나 그에 따른 보완절차의 진행으로 허가신청기간의 진행이 정지되거나 그 기간이 새로 기산되도록 하는 규정은 같은 법에 마련되어 있지 않다”고 설명했다.

변경계획서 제출을 정식 허가신청으로 갈음할 수도 없다. 폐기물관리법 제25조제1항 후단 및 제2항에 따른 변경계획서 제출은 변경하려는 사업계획의 적합 여부를 검토받기 위한 절차다. 같은 조 제3항에 따른 허가신청은 사업계획에 따라 시설·장비 및 기술능력 등을 갖춰 폐기물관리법 시행규칙 제28조제4항에 따른 허가신청서와 관련 서류를 제출해야 하는 별개의 절차다. 법제처는 변경계획서를 내거나 그 서류를 보완하는 행위를 본허가 신청으로 볼 수 없다고 지적했다.

제도 취지 면에서도 기한 엄수가 필요하다고 봤다. 대법원 판례(97누21086)에 따르면 사전 적합통보 제도는 시설 설치 후 허가 거부로 발생하는 경제적·시간적 손실을 막고 허가 업무를 신속히 처리하려는 장치다. 허가신청기간과 연장 한도를 둔 것은 사업이 지나치게 장기간 미추진 상태로 남지 않도록 하려는 목적이다. 법제처는 “변경계획서를 제출했다는 사정만으로 그 검토·보완절차가 끝날 때까지 종전 적합통보의 효력이 계속 유지되는 것으로 본다면, 법정 연장기간을 모두 부여받은 경우에도 변경계획서의 제출과 보완절차의 진행에 따라 허가신청기간이 사실상 추가로 연장되는 결과가 되어 허가신청기간 및 연장 한도를 정한 규정의 취지가 약화될 수 있다”고 짚었다.

이번 해석에 따라 폐기물처리업을 추진하는 기업은 사업계획 변경 및 보완 절차를 밟고 있더라도 당초 부여받은 법정 허가신청기한을 지켜야 한다. 기한 내에 반드시 시설·장비 요건을 갖춰 정식 허가신청서를 접수해야 하는 것이다. 기한을 넘기면 기존 적합통보가 실효돼 사업계획서 제출 단계부터 절차를 다시 밟아야 하므로 인허가 일정을 철저히 관리해야 한다.