수사와 기소를 분리하는 새 형사사법 체계 출범에 맞춰 특별검사의 수사 방식과 권한 구조가 전면 재편된다. 특별검사는 종전 검사 직무 준용 체계에서 벗어나 사법경찰관 수사 규정을 적용받으며, 검찰을 거치지 않고 법원에 직접 영장을 청구하게 된다.

법무부는 이 같은 내용을 담은 개정 「특별검사의 임명 등에 관한 법률」(법률 제22002호)이 2026년 10월 2일부터 시행된다고 밝혔다. 이번 개정은 같은 날 시행되는 「검찰청법」 폐지와 「공소청법」 및 「중대범죄수사청 조직 및 운영에 관한 법률」 제정에 따른 후속 입법이다. 앞서 국회는 2026년 8월 4일 검사의 직접수사권을 폐지하고 수사 주체를 사법경찰관으로 일원화하는 방향으로 「형사소송법」을 개정한 바 있다.

수사 권한은 사법경찰관 준용…영장은 판사에 직접 청구

개정법의 핵심은 특별검사의 수사 권한을 바뀐 형사소송법 체계에 맞춘 점이다. 신설 제8조의2에 따라 특별검사와 특별검사보의 수사에는 형사소송법 중 사법경찰관의 수사에 관한 규정을 적용한다. 피의자신문, 체포, 압수·수색 등 강제수사 절차 전반에서 사법경찰관 관련 조항을 따르게 된다.

다만 영장 청구 방식에서는 특별검사의 독립성을 유지했다. 개정 조항(제8조의2제3항)은 체포·구속영장, 압수·수색영장, 전자정보 보전기간 연장, 감정유치청구 등을 검사에게 신청하지 않고 특별검사나 특별검사보가 관할 지방법원 판사에게 직접 청구하거나 신청하도록 명시했다.

피의자 구속기간 10일…법원 허가로 1회 연장

특별검사 수사 단계의 구속기간 규정도 법률에 명확히 들어섰다. 신설 제8조의3에 따르면 특별검사나 특별검사보가 피의자를 구속했을 때는 10일 이내에 공소를 제기하지 않으면 석방해야 한다. 수사를 계속할 상당한 이유가 있으면 지방법원 판사의 허가를 받아 10일을 넘지 않는 한도에서 1회에 한해 구속기간을 연장할 수 있어 최장 20일까지 구속 수사가 가능하다. 체포되거나 구인된 피의자는 체포·구인된 날부터 구속기간을 기산한다(제8조의4).

공소유지 실무의 효율성을 높이는 장치도 마련됐다. 개정 제8조제2항 후단에 따라 특별검사팀에 파견된 검사는 특별검사나 특별검사보의 지휘·감독을 받아 이들의 재정(在廷) 없이도 법정에서 단독으로 공소유지를 수행할 수 있으며, 공소유지와 관련한 특별검사보의 권한을 행사할 수 있다.

공소청·중대범죄수사청 체제로 협조 기관 정비

검찰청 폐지에 따라 법 조문 속 기관 명칭도 모두 바뀐다. 특별검사의 수사 기록 제출 및 수사 지원 요청 대상 기관은 기존 대검찰청에서 공소청과 중대범죄수사청으로 변경됐다(제7조제3항·제4항). 수사 기간 내에 수사를 마치지 못하거나 기소 여부를 결정하지 못해 사건을 넘겨야 하는 대상 기관도 종전 지방검찰청 검사장에서 관할 지방중대범죄수사청장 또는 국가수사본부장으로 개정됐다(제10조제5항).

아울러 특별검사의 보수와 대우 기준은 고등검사장에서 광역공소청장으로, 특별검사보는 검사장에서 지방공소청장의 예에 준하도록 정비됐다(제13조제1항·제2항). 개정 특검법은 10월 2일부터 즉시 적용된다.